Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
VPS39Q96JC1 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms