Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC54Q8NEL0 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms