Protein–RNA interactions for Protein: Q13838

DDX39B, Spliceosome RNA helicase DDX39B, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 428 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX39BQ13838 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
DDX39BQ13838 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
DDX39BQ13838 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms