Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TRIM28Q13263 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TRIM28Q13263 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
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