Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
HOXA4Q00056 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
HOXA4Q00056 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXA4Q00056 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
HOXA4Q00056 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
HOXA4Q00056 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXA4Q00056 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXA4Q00056 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXA4Q00056 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
HOXA4Q00056 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
HOXA4Q00056 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
HOXA4Q00056 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms