Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.6 ms