Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.9 ms