Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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