Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CUX1P39880 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CUX1P39880 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CUX1P39880 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CUX1P39880 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CUX1P39880 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CUX1P39880 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CUX1P39880 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
CUX1P39880 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CUX1P39880 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CUX1P39880 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CUX1P39880 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC29.45■■■□□ 2.3
CUX1P39880 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC29.45■■■□□ 2.3
CUX1P39880 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CUX1P39880 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CUX1P39880 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CUX1P39880 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CUX1P39880 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CUX1P39880 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
CUX1P39880 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CUX1P39880 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
CUX1P39880 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CUX1P39880 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CUX1P39880 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CUX1P39880 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.2 ms