Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
LMX1BO60663 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms