Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms