Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
KLHL28Q9NXS3 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms