Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC3Q9BQI4 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms