Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP54Q70EL1 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms