Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD3Q12873 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CHD3Q12873 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms