Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
VPS39Q96JC1 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms