Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SKA3Q8IX90 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms