Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL18A1P39060 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms