Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL5A3P25940 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms