Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HIF3AQ9Y2N7 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms