Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS54Q9P1Q0 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS54Q9P1Q0 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms