Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms