Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.5 ms