Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
TCOF1Q13428 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
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