Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL8A1P27658 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms