Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms