Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COL18A1P39060 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL18A1P39060 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms