Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP4AQ9BY43 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP4AQ9BY43 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms