Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP4Q13107 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP4Q13107 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP4Q13107 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
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