Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SOX4Q06945 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SOX4Q06945 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms