Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms