Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.15
SYNE4Q8N205 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SYNE4Q8N205 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms