Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms