Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD3Q12873 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CHD3Q12873 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms