Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP39Q53GS9 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms