Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SPTA1P02549 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms