Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 CASKP1-201ENST00000412870 582 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AL109924.4-201ENST00000623089 670 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC074099.1-201ENST00000634100 679 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH5O43196 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 KDELR2-206ENST00000490996 655 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC020699.1-201ENST00000505161 445 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AP003086.2-201ENST00000534168 437 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 HERC2P4-202ENST00000564145 683 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH5O43196 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 CCL11-201ENST00000305869 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 MTND4P22-201ENST00000413116 1169 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC010834.3-201ENST00000520562 939 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 MTND1P36-201ENST00000522384 936 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 MTRNR2L3-201ENST00000543500 1539 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AL122008.3-201ENST00000412483 1723 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PRIM1-201ENST00000338193 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 WDYHV1-201ENST00000287387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH5O43196 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms