Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC9Q9Y3X0 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.4 ms