Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
VPS54Q9P1Q0 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
VPS54Q9P1Q0 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms