Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CCDC3Q9BQI4 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms