Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms