Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms