Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXC9P31274 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms