Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
MSX1P28360 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
MSX1P28360 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
MSX1P28360 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
MSX1P28360 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
MSX1P28360 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
MSX1P28360 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
MSX1P28360 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
MSX1P28360 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
MSX1P28360 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
MSX1P28360 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms