Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
USP53Q70EK8 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms