Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HIF3AQ9Y2N7 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms