Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS28Q9UK41 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms