Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
COL6A1P12109 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
COL6A1P12109 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms