Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP3Q9Y3E7 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP3Q9Y3E7 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms