Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPHP3Q7Z494 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NPHP3Q7Z494 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms